11 novembre 1506
Dopo la fuga di Giovanni II Bentivoglio, Papa Giulio II entrò in Bologna preceduto da un lungo corteo. Al suo passaggio venivano gettate al popolo monete sulle quali c'era lo stemma del papa con la scritta BONONIA PER JIULIUM A TYRANNO LIBERATA.Aprile- Maggio 1507
Fallì il tentativo dei Bentivoglio di rientrare in Bologna in quanto la città era presidiata da forze papali e dalle famiglie nemiche, in particolare i Malvezzi, i Marescotti, i Pepoli che avevano assoldato molta gente.1508
MICHELANGELO costruì la STATUA DI PAPA GIULIO II in bronzo che venne posta sulla Basilica di San Petronio1508
Giulio II fece ricostruire come simbolo tangibile della sua autorità la ROCCA DI GALLIERA
Maggio 1511- giugno 1512
I Bentivoglio ritornarono in città con l'appoggio dei Francesi. Il trionfo fu completato con la DISTRUZIONE DELLA ROCCA DI GALLIERA da sempre identificata dai Bolognesi come simbolo di oppressione: era la quinta volta che la fortezza veniva demolita e fu anche l'ultima.1512
Sempre nel 1512 venne fatta cadere dall'alto della facciata di San Petronio e successivamente fusa per farne in cannone, la statua in bronzo di Giulio II che Michelangelo aveva costruito nel 1508. I Bentivoglio soppressero il Senato dei Quaranta costituendo un Consiglio di Trenta membri che governarono in due gruppi semestrali di quindici membri sotto la presidenza di Annibale Bentivoglio. In città si stabilì un contingente di settecento francesi a puntello del regime bentivolesco.1512
Venuto a mancare l'appoggio dei Francesi che si erano ritirati, i Bentivoglio lasciarono la città e Bologna ritornò sotto la Chiesa. Giulio II non ripristinò il Senato dei Quaranta, essendo intenzione del Pontefice che Bologna fosse governata senza quei privilegi e quella autonomia che erano sanciti nei capitoli di Nicolò V. Pene gravissime furono inflitte a coloro che fossero sospettati di simpatie verso i Bentivoglio.1513
Con l'avvento al soglio pontificio di Leone XIII fu ripristinato il Senato dei Quaranta ed allontanati i funzionari invisi ai Bolognesi.
1515
Si incontrarono a Bologna Leone X e il nuovo re di Francia Francesco: sistemarono con un concordato le questioni politico-religiose tra la Santa Sede e il monarca francese.1522
Annibale Bentivoglio tentò di rientrare in città con quasi ottomila uomini, ma il tentativo fallì.1527
L'ultimo tentativo dei Bentivoglio di riprendersi il governo della città si ebbe quando lo Stato Pontificio cadde nel caos dopo il Sacco di Roma operato dai Lanzichenecchi che nel marzo avevano attraversato anche il territorio bolognese causando danni gravissimi e commettendo prepotenze d'ogni sorta.1529-1530
La città fu sede del convegno tra il papa CLEMENTE VII e CARLO V che culminò con la SOLENNE INCORONAZIONE dell'imperatore per mano del Papa nella basilica di San Petronio il 24 febbraio 1530. Questo avvenimento portò Bologna alla ribalta dell'attenzione internazionale. Fu scelta Bologna perché era la città più importante dello Stato Pontificio, dopo Roma, nella quale sarebbe stato sconveniente e pericoloso, a soli due anni dal "Sacco di Roma" ad opera dei Lanzichenecchi, procedere all'incoronazione. Per esaltare l'evento straordinario, per fare migliore mostra di sé, la città venne addobbata, arricchita di monumenti precari, che la rendessero simile a Roma. Cronisti e storiografi ci hanno tramandato il diario di quei mesi, dal novembre 1529 al marzo 1530, in cui il Papa e l'Imperatore si trattennero a Bologna, descrivendo con grande ricchezza di particolari i cortei d'ingresso dei due monarchi, le cerimonie, le coreografie, i festeggiamenti, che culminarono nella incoronazione di Carlo V, prima nel Palazzo Pubblico (Palazzo Comunale) con la corona ferrea, poi in San Petronio, dove gli fu posta sul capo la corona aurea. Dai documenti emerge che la circostanza fu causa di spese enormi per le pubbliche finanze della città e di violenze commesse dalle soldatesche al seguito dei due monarchi, di risse, di ruberie, di reazione dei membri del Senato bolognese. Essi organizzarono squadre di uomini che di notte davano la caccia ai più prepotenti, i soldati spagnoli, uccidendoli senza pietà.1532-1533
Dal 13 dicembre 1532 al 28 febbraio1533 si tenne a Bologna il secondo convegno tra l'imperatore Carlo V e papa ClementeVII.1531-1534
Francesco Guicciardini fu inviato a Bologna dal Papa col titolo di Governatore. Fu il primo ed unico laico a rappresentare l'autorità politica del pontefice in tre secoli. Il rigore e la fermezza del Guicciardini in materia di ordine pubblico e di finanze gli procurarono molte antipatie, sia da parte degli ecclesiastici, sia da parte dei nobili di cui cercò di frenare le prepotenze. Quando fu eletto papa, Paolo III, volendo compiere un gesto distensivo verso la città, richiamò il governatore che ricambiò l'antipatia dei Bolognesi con giudizi negativi e pungenti sulla città, nella " Storia d'Italia".1547
Il CONCILIO DI TRENTO che papa Paolo III aveva convocato nel 1542 nel tentativo di ricomporre l'unità della cristianità occidentale, lacerata dalla Riforma protestante, fu TRASFERITO nel marzo 1547 a Bologna con la motivazione palese di un'epidemia che si diffondeva nel Trentino, ma in realtà soprattutto a causa dei contrasti che dividevano il Papa e Carlo V. Il 27 marzo con la cerimonia d'apertura in San Petronio, il Concilio prese il via anche se i padri conciliari presenti a Bologna erano solo una quarantina su un centinaio. Molti erano rimasti a Trento e tra loro c'erano divisioni. Le commissioni conciliari lavorarono sotto la direzione del cardinale Giovanni Maria Dal Monte che era anche Legato di Bologna radunandosi nelle sala grande del quattrocentesco Palazzo Sanuti allora appartenente ai Campeggi (oggi Palazzo Bevilacqua, via d'Azeglio).1547
Fu progettato e ricostruito il canale navigabile da Corticella alla cerchia muraria (canale Naviglio - progetto del Vignola)1548
Furono costruiti alcuni palazzi senatori. Tra essi palazzo Boncompagni, famiglia originaria di Pizzocalvo, che ebbe un seggio in senato. UGO BONCOMPAGNI fu eletto papa con il nome di GREGORIO XIII. La STATUA sul portone del Palazzo Comunale rappresenta Gregorio XIII.
1556
Gli Ebrei furono segregati nel ghetto.1563
Fu costruito il PALAZZO DELL'ARCHIGINNASIO o delle SCUOLE NUOVE, per raccogliere in un unico edificio le scuole dei Legisti (Scuole di Diritto) e degli Artisti (Medicina, Chirurgia, Filosofia, Matematica) e porre sotto il controllo del potere pontificio gli insegnamenti universitari.1564
Furono costruiti la Piazza e la FONTANA DEL NETTUNO dopo aver abbattuto l'isolato che si trovava tra il palazzo del Legato e il Palazzo Re Enzo.1565
Fu ristrutturato l'Ospedale della Morte.1563-1568
Fu costruita la facciata scenografica di Palazzo dei Banchi, sul lato di levante di Piazza Maggiore, ad opera del Vignola.1572
Fu istituito un servizio bisettimanale di battelli passeggeri che collegavano Bologna a Venezia.1580
Sulla porta principale del palazzo comunale venne posta la statua di Gregorio XIII, il bolognese Ugo Boncompagni.1592
Una profonda crisi economica costrinse tredicimila Bolognesi ad andarsene in altre città in cerca di fortuna.