Dopo la cacciata di Giovanni II Bentivoglio nel 1506 e la conquista di Bologna da parte del papato furono costruiti importanti edifici e monumenti per attestare e celebrare il potere del papato sulla città:
- venne ricostruita da papa Giulio II (per la quinta volta) la Rocca di Galliera che venne però distrutta dai Bolognesi nel 1512;
- fu progettato e costruito il canale Naviglio ad opera del Vignola nel 1547;
- fu aperto il Porto Naviglio nel 1512;
- furono costruite la piazza e la Fontana del Nettuno nel 1564;
- fu costruita la facciata scenografica di Palazzo dei Banchi ad opera del Vignola nel 1565 per nascondere le vecchie case che lì vi erano;
- fu costruito il palazzo dell'Archiginnasio o delle Scuole Nuove , nel 1563 ad opera di Antonio Morandi detto il Terribilia per unificare la sede dello Studio e per poter effettuare un maggior controllo degli insegnamenti;
- fu collocata la statua di Gregorio XIII all'ingresso principale del palazzo di città (il bolognese Ugo Boncompagni che ebbe un seggio in senato) nel 1580;
- fu apposto hn grande stemma pontificio in via dell'Archiginnasio sull'omonimo palazzo all'angolo tra Piazza Galvani e via Farini
